A Iniciativa INTERREG III é co-financiada com fundos da Comissão e dos Estados Membros. O co-financiamento do FEDER ao Programa SUDOE para a totalidade do período 2000-2006 é de 66.159.734 Euros.

A ajuda FEDER está dividida de acordo com a seguinte tabela de percentagens máximas aplicadas ao custo total do projecto:
:

85 % para os parceiros localizados em regiões ultra-periféricas.
75 % para os parceiros localizados em regiões do Objectivo 1
50 % para os parceiros localizados em outras regiões

Mapa de los baremos de cofinanciación.