L'Initiative INTERREG III fait l'objet d'un cofinancement de la part de la Commission et des Etats membres. Le cofinancement qu'apporte le FEDER au Programme SUDOE pour la totalité de la période 2000-2006 est de 66.159.734 Euros.

La contribution du FEDER est plafonnée selon les barèmes maxima suivants appliqués au coût total du projet :

85 % pour les partenaires situés dans les régions ultra-périphériques.
75 % pour les partenaires situés dans les régions de l'Objectif 1
50 % pour les partenaires situés dans les autres régions