La iniciativa INTERREG III es objeto de una cofinanciación por parte de la Comisión y de los Estados miembros. La cofinanciación que aporta el FEDER al Programa SUDOE para la totalidad del período 2000-2006 es de 66.159.734 Euros.

La contribución del FEDER tiene un límite según los baremos máximos siguientes aplicados al coste total del proyecto:

85 % para los socios situados en las regiones ultraperiféricas.
75 % para los socios situados en las regiones Objetivo 1
50 % para los socios situados en las restantes regiones

Mapa de los baremos de cofinanciación.